Parallèlement à ses activités commerciales, MicroGIS participe régulièrement à des projets de recherche scientifique avec des partenaires académiques.

MicroGIS Foundation for Spatial Analysis MFSA

Dès le mois de septembre 2007, toutes les activités de recherche au préalable  menées au sein de la société, sont menées par la Fondation MicroGIS pour la recherche en Analyse Spatiale (MFSA).

Par le passé

MicroGIS a collaboré dans le cadre des projets COBALT (modélisation conceptuelle de données spatiales - MADS schema editor en collaboration avec le Laboratoire de Bases de Données de l'EPFL) en 2002, et MEDIAMAPS (cartographie thématique sur Internet en collaboration avec la Haute Ecole d'Ingénierie et de Gestion du canton de Vaud) en 2005.

En 2007, MicroGIS est partenaire du projet européen GLOBALDIV dans le domaine de la conservation des ressources génétiques des animaux d'élevage (AnGR), et du projet ANTHROPOGIS au sein duquel les apports des technologies des sciences de l'information géographique sont exploités en anthropologie.